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CRISPR-Cas 系统最早在大肠埃希菌中发现。其功能是用来抵御噬菌体的感染,捕获来源于噬菌体的间隔序列整合到自身基因组中,以获得外源抵抗力 。CRISPR-Cas 系统能使基因组免于噬菌体、病毒等的破坏与宿主 Cas 蛋白的获取抗噬菌体能力有关。